A primeira diferença está nas opções de desconto da taxa do gateway, vamos a elas:

Pagar.me

A possibilidade é o Marketplace assumir com 100% das taxas ou dividir com o vendedor, e essa divisão é proporcional com o recebimento de cada um, ou seja se você como Marketplace recebe 20% de comissão então irá assumir com 20% das taxas, e o vendedor com 80%. Exemplificando essa regra:

Vamos supor um pedido no valor de R$100,00, a divisão de valores será assim:

Wirecard (Moip)

Na Moip é o Marketplace quem assume com 100% das taxas ou repassa integralmente para o vendedor quando o Marketplace não recebe nenhuma comissão. Não existindo a possibilidade da divisão proporcional entre vendedor e Marketplace. 
Quando o Marketplace não receber nenhum valor de comissão, nessa opção o vendedor é quem irá assumir com 100% das taxas.

Há também, na Wirecard, a possibilidade de adicionar um percentual no valor final para o comprador assumir, e esse percentual pode ser a taxa do gateway, por exemplo, sendo que é você quem define um percentual.



Vamos a um exemplo para ficar mais claro

Supondo um pedido no valor final de R$100, em que você deseja que o comprador assuma as taxas de juros do parcelamento, segue abaixo a simulação:

1x (à vista), 0,0% de acréscimo = R$100,00

2x, 1% de acréscimo = R$101,00

3x, 2% de acréscimo = R$102,00

...

12x, 11,5% de acréscimo = R$ 111,50

Nesse exemplo vemos que é adicionado diferentes porcentagens, sendo que elas variam conforme o número de parcelas.



Ok! Mas qual a vantagem?

Normalmente se uma compra é parcelada ou você e o vendedor receberiam seus valores mês a mês conforme o número de parcelas da compra, ou receberiam antecipado, e se um valor é antecipado existe uma Taxa de Antecipação, e aí que entra o juros para o comprador, pois a porcentagem e taxa que a Wirecard cobraria de vocês seria "abatida" no juros do comprador.



Agora na prática

Esse tipo de configuração é bem simples de fazer na plataforma, o primeiro passo é você definir as porcentagens, e claro elas variam conforme a opção de parcelamento, você precisaria estruturar essa variação dessa forma:

1x - 0,0%

2x - 0,0%

3x - 0,0%

4x - 2,0%

5x - 2,5%

6x - 3,0%

7x - 3,5%

8x - 4,0%

9x - 4,5%

10x - 5,0%

11x - 5,5 %

12x - 6,0%

* os números acima são apenas exemplos

Após você decidir esses números e só nos passar eles via ticket.

Mais uma diferença entre os gateway's!

Uma outra diferença é sobre o Pagamento em Garantia.

Os dois gateway conseguem operar nesse modelo, mas tem algumas particularidades, veja mais nesse artigo.